W roku szkolnym 2012/2013 NIK przyjrzała się przez tydzień, w wybranych szkołach, zajęciom WF-u. Okazało się, że w klasach IV-VI nie brało w nich czynnego udziału 15 proc. uczniów, w gimnazjach 23 proc., a w szkołach ponadgimnazjalnych 30 proc. uczniów. Dzieci i młodzież jako główne powody braku uczestnictwa w zajęciach wymieniały względy zdrowotne (35 proc.) i nieatrakcyjny sposób prowadzenia zajęć (31 proc.).

Z badania NIK wynika, że szkoły nie potrafią stworzyć ciekawej oferty programowej dla młodzieży. Uczniowie wskazują, że nauczyciele nadmiernie preferują gry zespołowe (28 proc.) i ćwiczenia gimnastyczne (20 proc.). Z kolei inne formy zajęć, takie jak bieganie, taniec, aerobik, jazda na łyżwach czy pływanie stanowią tylko margines prowadzonych zajęć.

Zdaniem NIK szkoły nie koordynują też edukacji zdrowotnej. Odnotowano tu brak współpracy dyrektorów i nauczycieli z pielęgniarką szkolną oraz brak zajęć z gimnastyki korekcyjnej i kompleksowych działań prozdrowotnych, których elementem byłyby zajęcia sportowe.

Uznano to za niepokojące w obliczu danych Ministerstwa Zdrowia, z których wynika, że ok. 330 tys. uczniów objętych zajęciami WF-u ma zniekształcenia kręgosłupa, a ponad 120 tys. ma nadwagę lub cierpi na otyłość (to w sumie ok. 10 proc. uczniów).

NIK odniosła się też do wprowadzonej przez MEN od roku szkolnego 2009/2010 (na początek w klasach pierwszych szkoły podstawowej i gimnazjum) nowej podstawy programowej wychowania fizycznego. Nacisk położono w niej na umiejętności i kompetencje ucznia oraz na edukację zdrowotną. NIK pozytywnie oceniła samą podstawę programową, jednak w ocenie Izby MEN nie przygotował do reformy w wystarczającym stopniu nauczycieli WF-u.