W ogromnej większości drobnoustroje, które w nas bytują, są dla nas dobre. Skutecznie chronią nas przez tymi złymi, utrzymując ich liczebność w ryzach. Większość z tych 2 kg bakterii żyje w jelicie grubym. To jeden z najgęstszych i najbogatszych gatunkowo ekosystemów na Ziemi - bytuje w nim około tysiąca różnych gatunków mikrobów! (dla porównania w powietrzu unosi się blisko sto gatunków). Już sama ta liczba dowodzi, że bakterie te muszą mieć ogromny wpływ na nasz organizm.

Najważniejsze, z punktu widzenia prozdrowotnego, są gatunki bakterii kwasu mlekowego z rodzaju Lactobacillus oraz z rodzaju Bifidobacterium (skrótowo zwane bakteriami LB). Tworzą one przeciwwagę dla bakterii szkodliwych lub potencjalnie szkodliwych stanowiących nieodłączną część mikroflory jelitowej. Wraz z innymi bakteriami pokrywają one szczelnie nabłonek jelitowy i dzięki temu stanowią barierę dla bakterii chorobotwórczych lub dla szkodliwych substancji mogących się znaleźć w jelicie. A jest co chronić - jego powierzchnia wynosi od 300 do nawet 400 metrów kwadratowych. Mamy więc do obrony obszar całkiem sporego boiska, przez który nasz organizm kontaktuje się otoczeniem.

Bakterie kwasu mlekowego są powszechne w środowisku i od niepamiętnych czasów wykorzystywane były do naturalnego ukwaszania żywności. Jednak szczepy bakteryjne wykorzystywane do produkcji żywności nie są specjalnie selekcjonowane.

Odnalezienie probiotycznych bakterii stało się wyjątkowo ważne w sytuacji, gdy tracimy kontakt z naturalnymi bakteriami obecnymi w środowisku. Produkcja żywności na masową skalę z wykorzystaniem nowoczesnych metod termicznych, powszechne stosowanie antybiotyków i wysoki poziom higieny w środowisku - chroni nas przed jednymi chorobami, ale może wywoływać inne.

Jedna z teorii pojawienia się w ostatnich latach ogromnej liczby alergii zakłada, że zjawisko to jest spowodowane m.in. złym funkcjonowaniem ludzkiego układu pokarmowego i zawartej w nim flory bakteryjnej. Mikroby mieszkające w nabłonku jelitowym, z powodu zmienionej żywności, nie chronią go tak szczelnie jak dawniej. Jest ich mniej i są mniej aktywne.